Thành lập: 11/02/1969
Sau thành công của mô hình cư xá Phục Hưng tại Hà Nội, năm 1953, Giám tỉnh Tỉnh dòng Lyon đã gửi cha Cras Vọng vào Sài Gòn để thiết lập cơ sở tương tự cho vùng đất này. Ban đầu, cha Cras tạm trú tại Đất thánh Cầu Kho, chờ hai cha Bernard Pineau và Nguyễn Huy Lịch về để bắt tay vào việc.
Tình hình chiến sự ở Đông Dương buộc quân đội Pháp ở Miền Nam Việt Nam phải rút về mẫu quốc, để lại doanh trại quân đội tại số 43 đường Epargne, nay là số 43 Nguyễn Thông. Sau khi tiếp nhận từ quân đội Pháp doanh trại này, chính quyền Sài Gòn đã bán cho Dòng Đa Minh với giá tượng trưng.
Ngày 19/01/1956, Tu xá Mai Khôi được chính thức thành lập, với tu sĩ Alexis Michel Cras làm Tu xá trưởng tiên khởi. Ngày 11/02/1969, Tu xá Mai Khôi được nâng lên hàng tu viện, với tu sĩ Đa Minh Phạm Long Tiên làm Tu viện trưởng tiên khởi. Tháng 5/1975, Giáo xứ Mai Khôi được thành lập, nguyện đường của Tu viện trở thành nhà thờ Giáo xứ, mãi đến năm 1999 mới có Nhà thờ Giáo xứ riêng.
Cha Bruno Cadoré và Cha Phụ tá Tổng quyền với các anh em tu viện nhân dịp kinh lý năm 2014
Sau biến cố 1975, chính quyền mới trưng thu một phần cơ sở tu viện vốn trước đây là cư xá Phục Hưng dành cho sinh viên. Phần diện tích tu viện bị thu hẹp, chỉ còn lại nhà nguyện và các dãy nhà các tu sĩ ở. Đến ngày 22/12/2002, chính quyền Tp. HCM trả lại cho tu viện toàn bộ diện tích ban đầu.
Kể từ năm 1994, Mai Khôi trở thành cơ sở của lớp bồi dưỡng Thần học cho liên tu sĩ Tp. HCM, học tại dãy phòng phía đường Võ Thị Sáu, đến năm 2003 thì đổi tên thành Trung tâm Thần học Phaolô Nguyễn Văn Bình và chuyển sang toà nhà số 43 Nguyễn Thông vừa mới được chính quyền trả lại.
Ngày 22/5/1999, sau quyết định hiệp nhất Phụ tỉnh Việt Nam của Tỉnh dòng Lyon vào Tỉnh dòng Nữ Vương Các Thánh Tử Đạo, tu viện Mai Khôi chính thức trở thành một tu viện của Tỉnh dòng Đa Minh Việt Nam.[1] Tháng 7/1999, các sinh viên thần I và thần II được bổ nhiệm vào Tu viện Mai Khôi và theo học tại các lớp bồi dưỡng thần học Phaolô Nguyễn Văn Bình.[2]
Tỉnh hội của Tỉnh dòng Đa Minh Việt Nam được tổ chức tại Tu viện Mai Khôi lần đầu tiên, từ ngày 8 đến 21 tháng 6 năm 2003.
Tháng 4/2004, Tu viện dành một phần của toà nhà 43 Nguyễn Thông cho Trụ sở Tỉnh dòng. Năm 2007, Tu viện hành thành việc xây dựng khu nhà ở mới cho các tu sĩ. Sau Tỉnh hội 2007, Trụ sở Tỉnh dòng chuyển sang khu villa, số 229 Võ Thị Sáu. Năm 2020, toàn bộ phần đất phía đường Võ Thị Sáu đã được dành cho việc thiết lập tu viện mới.
Khu đất 43 Nguyễn Thông hiện nay là Trung tâm Mục vụ Mai Khôi, Trung tâm Thần học Phaolô Nguyễn Văn Bình và một phần dành cho Trường Quốc tế Tây Úc sử dụng.
Các vị Bề trên Tu xá Mai Khôi:
- Fr. Alexis Michel Cras (1956 – 1961)
- Fr. Vinh Sơn Nguyễn Huy Lịch (1961 – 1966)
- Fr. Phaolô Phạm Long Tiên (1966 – 1969)
Các vị Bề trên Tu viện Mai Khôi:
- Fr. Phaolô Phạm Long Tiên (1969 – 1972)
- Fr. Lorry Lộ (1972 – 1975)
- Fr. Tanila Hoàng Đắc Ánh (1975 – 1981)
- Fr. Anrê Đỗ Xuân Quế (1981 – 1987)
- Fr. Vinh Sơn Nguyễn Huy Lịch (1987 – 1990)
- Fr. Tôma Thiện Trần Minh Cẩm (1990 – 1993)
- Fr. Tanila Hoàng Đắc Ánh (1993 – 1996)
- Fr. Antôn Trần Thanh Long (1996 – 1999)
- Fr. Giuse Đinh Châu Trân (1999 – 2008)
- Fr. Giuse Nguyễn Văn Chữ (2009 – 2010)
- Fr. Giuse Phạm Hưng Thịnh (2010 – 2016)
- Fr. Antôn Trần Thanh Long (2016 – 2019)
- Fr. Giuse Hoàng Huy Cường (2019 – 2022)
- Fr. Giuse Phạm Quốc Văn (2022 – …
[1] CVTH 1999, số 6: “Ngày 22.5.1999, các nghị huynh đã bỏ phiếu tán thành việc hiệp nhất với Phụ Tỉnh Pháp tại Việt Nam. Sau khi nhận được văn thư chấp thuận của Bề trên Tổng quyền, một phái đoàn nghị huynh thuộc Tỉnh Dòng Việt Nam đã đến tu viện Mai Khôi để thăm hỏi, chúc mừng anh em và đón hai nghị huynh thuộc tu viện này đến dự Tỉnh hội : tu sĩ Tôma Trần Minh Cẩm và tu sĩ Antôn Trần Thanh Long.”
[2] CVTH 1999, số 130 : “Chúng tôi chỉ định tu viện Mân Côi, Gò Vấp, và tu viện Mai Khôi, quận 3, là hai cơ sở đào tạo sinh viên tư giáo. Bề trên Giám Tỉnh và ban Cố vấn sẽ quyết định việc phân bổ anh em vào các cơ sở trên.”
